אחת הבעיות הקשות שעימן מתמודדים הפלסטינים תושבי השטחים היא מניעת גישה לאדמות חקלאיות, הנמצאות בקרבת התנחלויות ומאחזים לא חוקיים. הבעיה הופכת לקריטית במיוחד בעונת מסיק הזיתים, שבה אי היכולת להגיע לאדמות משמעותה אובדן חלק גדול מן היבול, שעליו פרנסת החקלאים ומשפחותיהם. בשנת 2004 הגישה האגודה עתירה לבג"ץ, בדרישה לחייב את כוחות הביטחון להגן על הפלסטינים המוסקים מפני אלימות מתנחלים, במקום לבחור בסגירת השטחים החקלאיים בפני בעליהם כפתרון לחיכוכים. ביוני 2006 ניתן פסק הדין, ובו הודגשו זכויות הקניין וחופש התנועה של התושבים הפלסטינים, וחובתו של המפקד הצבאי לנקוט באמצעים כדי להבטיח את מימושן של זכויות אלה. אולם בסוף ספטמבר, לקראת עונת המסיק, שוב הוציא מפקד כוחות צה"ל בגדה המערבית צווים, הסוגרים שטחים השייכים לחקלאים פלסטינים. האגודה פנתה בדחיפות אל שר הביטחון, בבקשה שהצווים יבוטלו לאלתר, ושאבטחת המסיק בשטחים אלה תבוצע על ידי הקצאת כוחות צבא לאבטחת המסיק, ולא על ידי איסור כניסת התושבים ובעלי האדמות הפלסטינים.