בשנת 2004 הגישה האגודה לבג"ץ עתירה בשמו של העיתונאי והחוקר גרשום גורנברג, לאחר שארכיון צה"ל סירב לבקשתו לעיין בחומר ארכיוני שנדרש לו לצורך מחקר שערך. 

על פי החוק מהווה ארכיון צה"ל חלק בלתי נפרד מגנזך המדינה, ואולם למעשה הוא מנוהל על ידי מערכת הביטחון, ולגַנָז המדינה אין שליטה על הנעשה בו. אגב הטיפול בעניינו של גורנברג התוודענו לדפוסי פעולה ולמנגנונים, שמשמשים את מערכת הביטחון כדי להקשות על חוקרים ועל מחקר חופשי ובלתי מוטה. גילינו גם שמבקר המדינה כבר ביקר לפנינו את הליקויים החמורים שהתגלו בהתנהלותו של הארכיון, ובכלל זה - אפליה בין חוקרים, התערבות בתוכן המחקרים, נהלי עבודה פסולים ו"סודיים", סחבת בחשיפת מסמכים ועוד. 

הגבלת חופש המחקר בגנזך המדינה משבשת את חקר העבר ומונעת מאיתנו להפיק ממנו לקחים, שחיוניים לחיינו בהווה ובעתיד. היא פוגמת בשיח הציבורי הדמוקרטי, ומאפשרת ליחידים לקבוע מה טוב לאזרח לדעת – ועקב כך – מה טוב לאזרח לחשוב. 

במהלך ההתדיינות בעניינו של גורנברג חלו בארכיון צה"ל מספר שינויים עקרוניים. אולם המצב עדיין רחוק מלהיות משביע רצון. במקביל להתדיינות בבג"ץ אנו משתדלים לסייע לחוקרים אחרים שפונים אלינו: רבים מהם אינם מודעים לזכויותיהם ולהתפתחויות השונות, שעשויות לסייע להם בהתמודדות עם הקשיים שמוערמים בדרכם. 

לשם כך גם ריכזנו באתר האגודה את המידע שאספנו על המתרחש בארכיון. אנו מזמינים אתכם להתעדכן במידע שיש לנו ולהעביר אותו לחברות או לעמיתים שעשויים לגלות בו עניין. במקביל נשמח אם תעדכנו אותנו במידע, שיוכל לסייע לנו ולכל אדם אחר שמעוניין בכך בקידום חופש המחקר וחופש המידע בגנזך המדינה. פעולה של כל אחת ואחד מאיתנו - עצמאית, מתואמת ולעיתים אף משותפת - יכולה להשפיע.

האגודה לזכויות האזרח, בצלם, יש דין והוועד נגד עינויים פנו ב-7.8.08 לפרקליט הצבאי הראשי בדרישה להעמיד לדין את המג"ד והחייל שהיו מעורבים בירי בעציר פלסטיני כפות בנעלין בעברות ההולמות את חומרת המעשה. אמנם הרמטכ"ל הדיח את סא"ל בורברג מתפקידו, והחייל הורד מדרגתו. יחד עם זאת, טוענים הארגונים, צעד פיקודי זה איננו בא כתחליף להליך הפלילי. על ההליכים שיינקטו נגד המג"ד ונגד החייל היורה לשקף את חומרת המעשים, ולכלול העמדה לדין פלילי. כפי שקבע בג"צ בפרשת יהודה מאיר: "פגיעה באדם כבול וחסר ישע היא מעשה מביש ואכזרי, והיא מחייבת תגובה, ההולמת את חומרת המעשה."
בו ביום התקבלה תשובתו המפורטת של הפרקליט הצבאי הראשי, שבה נחשפו לראשונה פרטי האירוע, שהיה חמור יותר ממה שפורסם עד אותה עת. באותו היום אף הוגש כתב האישום לבית הדין הצבאי המיוחד.
ב-11.8.08 פנינו לפרקליט הצבאי הראשי בשנית בדרישה לשנות את סעיפי האישום המופלגים לקולא, תוך התייחסות ל"סנקציה הפיקודית" שננקטה נגד המג"ד ולנזק החמור של האירוע.

עוד לא נרגענו מ"חוק נתוני תקשורת", שכבר עכשיו נראה כי הוא מנוצל לרעה בידי הרשויות, והנה הצעת חוק חדשה: הממשלה אישרה הצעת חוק להקמת מאגר מידע ביומטרי, אשר יכיל טביעות אצבע וזיהוי תווי פנים של אזרחי ישראל ותושביה. לטענת משרד הפנים, מאגר המידע נחוץ לצורך הנפקת דרכונים ותעודות זהות "חכמות"; אולם באף אחת מהדמוקרטיות המערביות, גם לא באלה שהנהיגו תעודות זהות ביומטריות, לא קיים מאגר מידע מסוג זה. האגודה מזהירה, כי מדובר בצעד מסוכן, הפוגע פגיעה קשה ובלתי מידתית בזכות היסוד לפרטיות ומסכן שלא לצורך זכויות אדם חשובות נוספות.

מדיניות הסיוע בדיור של משרד השיכון נוגעת למאות אלפים בישראל; אף על פי כן, עד כה, הנהלים והקריטריונים המלאים לקבלת הסיוע הוסתרו מהציבור. זכאי הסיוע לא תמיד ידעו על זכאותם, או שהמידע שניתן להם היה חלקי. בעקבות עתירה של האגודה בשמו של אסיר משוחרר חסר בית, החל משרד השיכון להעלות את נהליו לאתר האינטרנט של המשרד. האגודה תוסיף ותעקוב אחר פרסום הנהלים.