לנוכח היקפי הפגיעה באוכלוסייה אזרחית בעזה במהלך מבצע "עופרת יצוקה", פנו שמונה ארגוני זכויות אדם ישראליים ליועץ המשפטי לממשלה בדרישה להקים מנגנון עצמאי לחקירת מקרי הרג ופגיעה באזרחים במסגרת הלחימה בעזה. הארגונים - האגודה לזכויות האזרח, במקום, בצלם, גישה, המוקד להגנת הפרט, הוועד הציבורי נגד עינויים, יש דין ורופאים לזכויות אדם – ציינו כי מאירועים שהתפרסמו וממידע נוסף המצטבר מיום ליום, כמו גם מההיקף המחריד של ילדים ונשים שבין ההרוגים, עולה חשד כבד להפרה של דיני הלחימה על ידי צה"ל, באופן שמחייב את ישראל לפעול לקיום חקירות מקיפות ואפקטיביות על ידי גורם עצמאי.
ארגוני זכויות אדם, ביניהם האגודה, פרסמו גם סדרת מודעות בעיתון "הארץ", הקוראות לחקור את אירועי הלחימה בעזה. 
מודעה ראשונה, 3.2.09
מודעה שניה, 4.2.09 
מודעה שלישית, 5.2.09

אי-השוויון והפערים ההולכים וגדלים בין קבוצות שונות ובין אזורים גאוגרפיים במדינת ישראל מתבטאים גם בנגישות לשירותי בריאות: זמינותם ונגישותם של שירותי הבריאות הציבורית לתושבי הפריפריה נמוכים משמעותית יחסית למרכז הארץ. האגודה לזכויות האזרח וארגונים עמיתים פועלים להבטחת שירותי בריאות נגישים ושוויוניים לכל אזרחי ישראל ותושביה. לאחרונה, בעקבות לחץ של קבוצת ב"ש - שיוויון בבריאות, רופאים לזכויות אדם והאגודה, הודיע משרד הבריאות כי במכרז שיפרסם בקרוב למתן רישיונות לחמישה מכשירי MRI תינתן עדיפות לבתי חולים ממחוזות הצפון והדרום.

האגודה לזכויות האזרח וארגונים נוספים ניהלו במשך שנים מאבק בדרישה למתן מעמד לילדים של מהגרי עבודה, שגדלו והתחנכו בישראל, שפתם עברית ותרבותם ישראלית.  בעקבות המאבק נקבעו קריטריונים למתן מעמד לילדים אלה ולבני משפחותיהם, ועניינם של הרוב הגדול הוסדר. אולם נותרו 58 ילדים שאינם עומדים בקריטריונים, בשל העובדה שאחד מהוריהם נכנס לראשונה לארץ באופן בלתי חוקי. המדינה הבטיחה לבחון את בקשותיהם באופן פרטני; 36 מתוך הבקשות נדחו, ביניהן זו של רבי אליעזר קרוז בן ה-11. את סיפורו של רבי אליעזר אפשר לקרוא בערעור שהגישו בשמו האגודה ומוקד סיוע לעובדים זרים לבית המשפט העליון, ובכתבה שפורסמה בעיתון "הארץ". 

לאחרונה הולך וגובר השימוש בקבוצות רכישה, שהן התארגנות מראש של קבוצת אנשים לרכישה משותפת של זכויות במקרקעין, המיועדים לבניה למגורים. קבוצות הרכישה מתארגנות כדי ליצור יתרון כלכלי, המוקנה לקבוצה מאורגנת מול קבלנים ויזמים, אשר יאפשר הוזלת מחירי הדיור לחברי הקבוצה. בין היתר, קבוצות הרכישה מתמודדות או עשויות להתמודד במכרזי קרקע ובנייה של מינהל מקרקעי ישראל.
השימוש ההולך וגובר בקבוצות רכישה מחייב לבחון את המשמעויות המשפטיות והחברתיות הנובעות מכך. מחד גיסא, קבוצות הרכישה עשויות להיות כלי מבורך להתמודדות עם מחירי דיור גבוהים, אך מאידך גיסא, כלי זה גם עלול להוות כלי מפלה, שמטרתו סינון אסור של דיירים. האגודה פנתה למינהל מקרקעי ישראל בדרישה לקבוע כללים להתמודדות של קבוצות רכישה במכרזי המינהל, על מנת להבטיח שזכויות במקרקעי ציבור לא יועברו לקבוצות אשר יסננו דיירים בצורה מפלה ובלתי-חוקית.

הצורך של האסיר בהתייחדות אינו מסתכם בסיפוק הצורך המיני. הוא עונה על צורך נפשי אמיתי בשמירה על יחסי קירבה עם אדם קרוב בתנאי הבדידות של הכלא. מימוש זכות ההתייחדות הינו נקודת אור עבור האסיר, המרצה תקופה ממושכת במאסר, כשהוא מרוחק מסביבתו הטבעית.
האגודה פנתה לנציב שירות בתי הסוהר, בבקשה לפרש את פקודת הנציבות המסדירה את נושא ההתייחדות באופן שוויוני ולתקן אותה, כך שתבטיח גם את זכותם של אסיר ואסירה להתייחדות עם בן זוגם מאותו המין.